Cinchona pubescens es un árbol de hasta 10 m de alto. Su corteza tiende a volverse rojiza cuando se corta. Las hojas, en términos generales, tienen forma de ampliamente elíptica u oval a oblonga, son más bien delgadas, visiblemente veteadas, algo pubescentes en el envés y se vuelven rojas con la edad, mientras que persiste en el árbol. Las flores se disponen en panículas grandes, de color rosa y fragantes (de blanco a rosa claro en Galápagos). El fruto en cápsula ovoide (2-3 cm) contiene numerosas semillas aladas (PIER, 2021).